百香果的病虫害主要有基腐病、病毒病、疫病、叶班病、蛀果虫、红蜘蛛、白蚁等。
防治应以防为主，选用抗病品种和不带毒壮苗，不偏施氮肥，施用全价肥料，及时修剪、疏叶，保证通风透光，并做好排水工作，有条件的每50-60亩安装一盏频振式杀虫灯。可减少病虫害发生。
发现病虫为害应及时对症下药：
基腐病可用80%代森锌、70%甲基托布津或25%多菌灵80-倍对病斑进行局部涂药治疗。
疫病用40%乙磷铝-倍液或58%瑞毒霉-倍或25%甲霜灵可湿性粉剂倍与80%代森锌可湿性粉剂倍液混合喷雾；
叶斑病在高温多雨季节每月喷施一次1%波尔多液；
病毒病，平常注意防治蚜虫等虫害，发现病株及时拔除烧毁并用石灰消毒种植坑。
虫害以蛀果虫为害较严重，可在上午8点钟左右，用90%敌百虫倍液（或敌敌畏0倍或52%农地乐1倍液）加3%红糖，每隔4-5天喷一次，连喷3-4次；
红蜘蛛用食螨瓢虫和捕食螨控制红蜘蛛虫口密度；用20%三氯杀螨矾可湿性粉剂-倍液，或50%马拉硫磷-0倍液，或20%三氯杀螨醇乳油-0倍液等进行防治；
白蚁用坑埋芒箕草、松枝、甘蔗渣等诱集白马蚁，然后撒灭白蚁药或寻找捣毁蚁巢，消灭巢中蚁王和蚁后，这是比较彻底的方法。